互联网的安全不仅是证券电子商务所关心的，它更是整个国家的安全问题。在网上进行证券交易的风险无疑要比在营业部大得多，因为用户在交易过程中如果发生问题，无法得到营业部的直接支援和帮助。网上交易最容易产生安全隐患的是委托交易数据的网上传输，经纪公司的交易管理系统及数据库系统。投资者一般要求能够进行实时委托交易，因此在交易时间段以及经纪公司开放查询的时间段里，经纪公司的交易管理系统和数据库系统将直接连接在互联网上。如果没有良好的安全防范机制，系统很容易受到感染破坏或攻击。即使加密也是有时效性的。比如有人认为闰际通行的SSL协议对信息的传输进行加密处理就是安全的，其实未必，特别是像金融证券业这类国家支柱产业的互联网络。而网络证券交易往往涉及巨额资金，此时的资金就是电脑中的数字，容易被改动、丢失。一旦系统遭受外部攻击造成中断，或网络犯罪使信息泄露，就会给投资者造成重大损失，也给投资者巨大的心理压力。尽管目前网络商无不把自己的网络技术吹得天衣无缝，可是黑客连克微软、雅虎等著名网站，说明最完美的网络也有可能有漏洞。再加上证券部门内部的黑客鲸吞股民资金、盗卖股票、侵犯权益的案件屡有发生，投资者不能不担心一旦遭遇黑客可能造成的损失。